חומת ההפרדה ההולכת ונבנית בשטחי הגדה המערבית משנה את המציאות בסביבתה ללא הכר. החומה חודרת עמוק אל תוך השטח הכבוש וכולאת שטחי קרקע ואוכלוסייה פלסטינית במתחם המבודד ממדינת ישראל, מצדו האחד, ומהשטחים הכבושים מצדו האחר. החומה דורסת ברגל גסה את זכויות הקניין של הפלסטינים המתגוררים בקרבתה. בנייתה מצריכה תפיסת קרקעות בהיקף עצום, ואגב כך גם הריסת מטעים, פרדסים ושדות. חייהם של פלסטינים המתגוררים בקרבת החומה הופכים לבלתי אפשריים: רבים מאלו החיים ממזרח לה אינם יכולים להגיע אל אדמתם ולעבדה, ואלו החיים ממערבה מתקשים להגיע לערי הגדה, לבתי הספר, לשירותי רפואה, למרכזי המסחר ולקרובי משפחתם, כי המעבר מוגבל לשעות הפתיחה של השערים בחומה ומותנה בהיתרים מיוחדים. החומה פוגעת, אם כן, גם בזכויותיהם הבסיסיות של התושבים לתנועה, פרנסה, חינוך, בריאות, וקיום מינימאלי בכבוד.

במרחב שבין החומה לבין הקו הירוק שורר משטר המפלה, הלכה למעשה, בין יהודים לפלסטינים. ההוראות המופיעות בהכרזה בדבר שטח צבאי והצווים הנלווים לה הופכות למעשה את מרחב התפר לשטח הסגור בפני פלסטינים שהם ואבותיהם היו תושביו זה מאות שנים, בעוד כל יהודי, אף אם אינו אזרח ישראל, חופשי לנוע בו ללא כל הגבלה. בכך יצרה ישראל משטר אפרטהייד המבחין בין תושבים על-פי זהותם האתנית, הבחנה הנחשבת פשע על-פי המשפט הבינלאומי. לתיאור מפורט של משטר זה ראו, בין היתר, את עתירת המוקד, בג"ץ 9961/03 – המוקד להגנת הפרט נ' ממשלת ישראל ואח'.

עתירות רבות הוגשו לבג"ץ בעניין החומה. חלקן מבקשות מבית המשפט להורות למדינה לפרק את החומה במקומות מסוימים בהם נפגעות זכויות התושבים, חלקן יוצאות נגד המדיניות השרירותית שבפתיחת המעברים בחומה, וחלקן עתירות עקרוניות נגד חוקיות בניית החומה בשטח הכבוש ולביטול משטר ההיתרים הנלווה לה, כדוגמת עתירת המוקד.

ביום 30 ביוני 2004 פסל בג"ץ כשלושים קילומטרים מתוואי החומה מצפון מערב לירושלים. נקבע כי התוואי באזור זה פוגע באופן שאיננו מידתי בזכויות תושבי הכפרים הנמצאים לאורכו וכי ניתן להפחית פגיעה זו באופן משמעותי על-ידי קביעת תוואי חלופי. (באתר ניתן למצוא בנוסף לפסק הדין גם את העתירה, תשובת המדינה וכתבי בי-דין נוספים בה.) לאור פסק הדין של בג"ץ נבחן תוואי החומה מחדש וניתנו צווי ביניים במסגרת מספר עתירות, המונעים את המשך עבודות הבנייה בקטעים נוספים של החומה.

ביום 9 ביולי 2004, פירסם בית הדין הבינלאומי לצדק בהאג את חוות דעתו בנושא, ולפיה בניית החומה והמשטר הנלווה לה מנוגדים לחוק הבינלאומי, וכי על ישראל לפרקה ולפצות את הפלסטינים שנפגעו עקב בנייתה.

תוך התעלמות מופגנת מחוות הדעת, ולמרות עיכובים מסוימים בעקבות העתירות לבג"ץ, נמשכת בניית החומה, ועמה הסיפוח דה-פקטו של שטחים לתחומי מדינת ישראל ודריסת זכויותיהם של התושבים.